Der Modus des UEFA-Cup läuft wie folgt ab:

1.Hauptrunde
16 Teams, die in der Champions- League- Qualifikation gescheitert sind und 64 für den UEFA-Cup qualifizierte Teams spielen in der 1. Hauptrunde mit Hin und Rückspiel gegen ein anderes Team.

Gruppenphase
40 Teams spielen in 8 Gruppen á 5 Teams. Jedes Team hat 4 Spiele.
Die ersten Drei einer jeden Gruppe qualifizieren sich für die 3. Runde.

3. Hauptrunde
8 Drittplazierte der Champions- League und 24 Teams aus der Gruppenphase spielen ein Hin- und Rückspiel gegen ein anderes Team.

Achtelfinale, Viertelfinale, Halbfinale und Finale
Nach der 3. Hauptrunde geht es wie gewohnt mit Hin- und Rückspiel weiter bis zum Finale, welches in einem Spiel ausgetragen wird.

Neue Regel: Zukünftig wird der Sieger der Europa League ein automatisches Startrecht in der der Champions-League in der folgenden Saison haben! Das gab die UEFA bekannt. Erstmals darf der Gewinner der Saison 2014/15 in der Runde danach in der Königsklasse antreten.

Außerdem sollen dann 16 Teams aus zwölf Ländern einen direkten Startplatz in der Europa-League bekommen. Bislang sind es sechs Mannschaften aus sechs Ländern.