Ab der Saison 2008/2009 gibt es die neue 3. Liga, in der 20 Teams um den Aufstieg in die 2. Bundesliga spielen.
Die ersten beiden Mannschaften steigen direkt in die 2. Bundesliga auf. Der Drittplatzierte muss in eine Relegation gegen den Drittletzten der 2. Bundesliga. Die drei letzten Mannschaften aus der 3. Liga steigen ab in die neu gegliederte Regionalliga (Nord, Süd, West)
In folgender Grafik ist zu sehen, wie die neue Liga zusammengesetzt wird:
Folgende Mannschaften spielen in der Saison 2008/2009:
Absteiger aus der 2. Liga (4 Teams):
- Kickers Offenbach
- FC Erzgebirge Aue
- SC Paderborn 07
- FC Carl Zeiss Jena
- Fortuna Düsseldorf
- 1. FC Union Berlin
- SV Werder Bremen II
- Wuppertaler SV Borussia
- FC Rot-Weiß Erfurt
- Dynamo Dresden
- Kickers Emden
- Eintracht Braunschweig
- VfB Stuttgart II
- VfR Aalen
- SV Sandhausen
- SpVgg Unterhaching
- Wacker Burghausen
- FC Bayern München II
- SSV Jahn Regensburg
- Stuttgarter Kickers